STRING 互作网络

STRING 数据库使用指南

1. 基础查询

1. 访问 STRING
2. 选择 "Multiple proteins"
3. 粘贴基因列表（每行一个）
4. 选择物种

2. 参数设置

参数	推荐值	说明
Minimum required interaction score	0.400 (medium)	过低会有假阳性
Network type	Full STRING network	包含所有证据
Max number of interactors	0	只显示输入的基因

3. 导出数据

点击 Exports → 选择 TSV 格式用于 Cytoscape

导出文件包含：

• string_interactions.tsv - 互作关系
• string_protein_annotations.tsv - 蛋白注释

Cytoscape 导入与美化

导入步骤

1. File → Import → Network from File
2. 选择 TSV 文件
3. 设置列映射：
   • Source: #node1
   • Target: node2
   • Edge Attribute: combined_score

布局优化

推荐布局：

• Prefuse Force Directed - 适合中等规模网络
• yFiles Organic - 需要安装 yFiles 插件

样式设置

节点大小: 按 Degree 映射
节点颜色: 按 Betweenness 映射
边粗细: 按 combined_score 映射

导出高质量图片

File → Export → Network to Image

• 格式：PDF 或 SVG（矢量图）
• 分辨率：300 DPI

R 语言批量查询

library(STRINGdb)

string_db <- STRINGdb$new(
  version = "11.5",
  species = 9606,  # Human
  score_threshold = 400
)

# 基因映射
genes <- c("TP53", "MDM2", "CDKN1A")
mapped <- string_db$map(data.frame(gene = genes), "gene")

# 获取互作网络
interactions <- string_db$get_interactions(mapped$STRING_id)