生信与数据可视化
快速批量化筛选差异基因
一、生信分析的目的 前面已经介绍了从差异表达、生存分析和ROC分析三个方面对基因进行初步筛选。 但是在实际操作中会发现，在可视化和进一步分析过程中，如果想研究多个基因，就要不停的在代码中更改基因名...
顶刊和弦图
代码目的 - 和弦图 (Chord Diagram) 可以清晰地显示复杂的数据交互，尤其适用于展示多个类别之间的关系和交叉。 - 外围环绕条形图是对和弦图的补充，这篇文章显示的是不同管理实践...
临床相关性分析
1.目的 为进一步分析目标基因在肿瘤中的作用，我们继续进行基因的临床相关性分析。 临床相关性分析主要是分析基因于患者的生存时间、生存状态、肿瘤TNM之间的相关性。 2.代码 ```R
复杂进化树
本教程详细讲解如何使用R语言和ggtree包绘制复杂的系统发育树，包括添加热图、柱状图等元数据信息。
铜死亡相关基因筛选
一、生信分析的目的 TCGA的表达矩阵基因多、样本多，筛选的时候难免会受到极端基因的影响（标准化数据后可能也会有影响）。并且筛选之后的基因又非常的多。 今天就给同学们提供一个解决的思路——利用热点...
DESeq2包分析差异基因
一、生信分析的目的 前面给我们学习了limma包和degeR包的差异分析，这里是另外一种实现差异分析的包。 二、具体的代码 ```R remove(list = ls())
edgeR包分析测序数据中的差异表达基因，就是通过分析正常组织和旁癌组织然后告诉你哪些是可能的和这个疾病相关的基因
一、生信分析的目的 有需要使用counts文件进行差异分析，这里又涉及到包的选择了 limma——FPKM edgeR和DESeq——counts 我们今天来将一下用edgeR包的差异分析，其实这些...
基因共表达分析
1、目的 如果同学们筛选的是lncRNA的话可以用共表达为指标预测这个lncRNA对应的miRNA，最后构建出ceRNA网络。 我们的单基因也可以利用共表达找到与目标基因共调控或负调控的基因（其实这个...
基因表达与免疫细胞浸润的关系
一、生信分析的目的 前面010-1.目标基因在高低表达组免疫差异分析，讲了免疫细胞在我们要研究的目标基因高低表达组之间的关系。但是对于单基因研究来说这个分析显然是不足的，因为它仅仅展示了存在差异的免疫...
GEO数据库数据处理-1
实验目的 代码 ```R-这是博主的代码
判断GEO数据是否需要进行log处理
实验目的 实验代码 ```R-博主的代码
渐变火山图的绘制
目的 渐变火山图是一种结合了火山图（Volcano Plot）和颜色渐变元素的数据可视化工具。它主要用于生物信息学、统计学和数据分析领域，帮助分析高维数据的显著性和相关性。 普通火山图代码 ```...
GSEA分析，分析我们想要研究的目标基因最有可能在哪一条通路上发挥作用
一、生信分析的目的 同学们，今天来给大家分享GSEA富集分析。同样都是富集分析，它与GO和KEGG的区别在哪呢？ 最主要的差别就是，GO和KEGG富集分析是针对与差异基因的分析，目的在于阐述所得到的...
GSEA图-基因集富集分析
一、代码作用 GSEA (Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析)是一种重要的生物信息学分析方法，主要用于分析基因表达数据中的基因集变化，评估预定义基因集在特定实验条...
RNA-seq差异分析结果gseKEGG可视化
目的 在RNA-seq数据分析中，**差异分析结果的GSE（Gene Set Enrichment）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）可视化*...
GSVA分析
一、生信分析的目的 基因集变异分析(GSVA)是一种特殊类型的基因集富集方法，通过对分析的功能单元进行概念上简单但功能强大的改变——从基因到基因集，从而实现对分子数据的路径中心分析。 **_简单来说，...
免疫细胞相关性分析-一张图展示目标基因和所有的免疫细胞之间的关系
一、生信分析的目的 前面我们研究了①目标基因高低表达组中的免疫细胞的表达差异②目标基因和免疫细胞表达之间的相关性以及③目标基因在免疫浸润的情况对人的生存曲线的影响；三者都是可以的，但是如果我们每次都放...
免疫检查点分析
一、生信分析的目的 前面从009到011我们都是围绕免疫浸润展开的，免疫浸润相关性分析之后紧接着的就是免疫治疗方面的分析了，免疫治疗可以从检查点，突变负荷等方面进行阐述，然后这一章节我们就是分析免疫检...
免疫含量的计算
一、生信分析的目的 这个就是计算每一个肿瘤样本中每种免疫细胞的含量，这个也不关我们研究的目的基因，就是直接统计所有的免疫细胞，但是计算这个的作用我现在觉得就是为了得到CIBERSORT-Results...
目标基因在高低表达组免疫差异分析
一、代码目的 对免疫细胞的差异分析，我们使用两种方法。 一种是**差异的方法**，就是根据我们目标基因的表达量，将病人分成高低表达两组，然后比较哪些免疫细胞，它在高低表达组里面是具有差异的，这就是...
与免疫浸润相关的生存分析_目标基因在免疫浸润的条件下生存曲线的分析
一、生信分析的目的 在[[010-1.目标基因在高低表达组免疫差异分析]]中我们分析了所研究的目标基因高低分组后的免疫基因的差异表达，然后紧接着我们又在[[010-2.基因表达与免疫细胞浸润的关系]]...
免疫治疗分析
一、生信分析的目的 之前给同学们介绍了免疫检查点和肿瘤突变负荷，在这里面都给同学们提及到了免疫治疗，今天我就来给同学们介绍免疫治疗分析的过程。 二、具体的代码 ```R remove(list =...
KEGG-环状图（美化用）
一、代码的作用 这个代码就是相对于常规的气泡图来说，这个图可能是更好看一些的，气泡图太常规了，而且我觉得气泡图看不出来和什么基因集有关。 二、具体的代码 ```R 具体的自定义方法可以先自己...
机器学习
一、生信分析的目的 二、具体的代码 ```R remove(list = ls())
limma包分析TCGA数据库中某种癌症的差异基因表达
1.作用 - 从TCGA中挖掘癌组织和正常组织的差异基因的表达，从而为我们探索特异基因寻找思路。 - 从TCGA数据库下载好数据之后就可对里面的基因进行差异表达分析（我们使用的是limma包，因此最好...
矩阵相关性热图
目的 可以较为直观比较多个因子与组内的所有因子之间的相关性。 代码 ```R setwd(\"D:/生信代码复现/矩阵相关性分析\")
获取最新的人的所有miRNA的ID号
代码的作用 加载了mirbase.rds这个文件,里面保存了人的所有miRNA的成熟体ID和miRNA名字。这样的话，我们就可以从TCGA中提取出全部的miRNA 准备文件 ①需要到[miRBase...
多算法免疫浸润
一、生信分析的目的 这里使用R语言IOBR包对患者进行免疫浸润分析，其中包括CIBERSORT，mcpcounter，xcell，timer,quantiseq多种算法。 _1）estimate_ ...
网络组合图
代码 ```R remove(list = ls())
新TCGA
1.作用 可以运用这段代码直接得到COUNTS、FPKM、FPKM-UQ、TPM四种形式的矩阵，以便用于后续的差异分析。 2.具体的代码 > [!NOTE] 具体的代码 > ```r >
临床列线图绘制
一、生信分析的目的 之前给同学们介绍了临床相关性的分析，它主要描述的是目标基因与对应临床性状的相关性。今天给大家介绍的列线图可以为临床预后提供一定的指导性（因为它联合多个临床性状进行了打分）。 ...
PCA分析
代码目的 主成分分析 (PCA) 是一种无监督学习的多元统计分析方法，用于将高维数据投影到较低维空间，提取多元事物的主要因素，揭示其本质特征。它被广泛应用于很多领域，比如理论物理学、气象学、心理学、生...
无进展生存期PFS分析
1、目的 经过前面的差异表达、生存、ROC的初步筛选后基本上就能确定自己的目标基因了。 下一步我们就是要对目标基因进行无病生存期的分析，这次的代码就简单多了，不需要循环多个基因，不用for循环。 ...
进化树
本教程介绍如何使用R语言绘制进化树。
R语言安转包的几种方式
一、生信分析的目的 这个就是为了在安装包的时候 二、具体的代码 ```R install.packages(\"remotes\") remotes::install_github(\"omnide...
ROC分析
1.目的 经过生存分析筛选得到的基因还是太多了，对没有时间进行逐个分析筛选的同学来说还是不太理想。 其实我们还可以对基因批量ROC筛选。 2.代码 ```R
利用生存分析进一步筛选基因
1.作用 差异分析筛选出基因之后再进行生存分析以进一步筛选出目标基因。 **准备工作：** 1.我们得到差异基因的表达量后还需准备TCGA的临床数据文件。从TCGA数据库下载之后进行整理。 2.将临床...
目标基因表达量提取
1、目的 在之前的很多教程中都提到了目标基因表达量的提取这个问题，其实最简单的方法就是用Excel，但是要从几千甚至上万的表格中进行操作（而且可能存在重复），实在会大大降低工作效率。 ①文件准备 直接...
TCGA及lncRNA矩阵整理
一、目的 二、代码 ```R
三包差异分析
一、目的 二、代码 ```R remove(list = ls())
肿瘤突变负荷分析
一、生信分析的目的 肿瘤突变负荷也是与免疫治疗相关的一个分析，肿瘤突变负荷越高，免疫治疗的指标就越高。简而言之就是肿瘤突变负荷越大，越有可能被免疫治疗疗法给治愈。 肿瘤突变负荷（TMB）被定义为每百...
对肿瘤突变负荷进行临床相关性分析，因为肿瘤突变负荷可能会导致我们的肿瘤分型发生改变，因此对其进行临床相关性分析更能说明其价值
一、生信分析的目的 计算出肿瘤突变负荷，便可预测其免疫治疗准确性。肿瘤突变负荷 又可进一步分析其生存相关性以探究其预后价值。突变负荷生存分析 突变负荷增加，其肿瘤细胞更易激活免疫系统，使得患者生存预后...
肿瘤突变负荷与生存相关性分析，在完成肿瘤突变负荷相关性分析之后进行其相关的生存分析，能更进一步地验证其结果所对应地价值
一、生信分析的目的 肿瘤突变负荷是评价基因突变频率高低的指标。肿瘤基因突变越多，其细胞表面所带抗原数量就会提高。这样的肿瘤细胞就越容易被免疫系统识别。因此，检测恶性肿瘤的肿瘤突变负荷，就可以预测患者对...
肿瘤微环境分析
1、目的 这次教程交给大家的肿瘤微环境分析主要分析基质细胞和免疫细胞之间的打分差异。 [单基因套路8：肿瘤微环境分析 (qq.com)](https://mp.weixin.qq.com/s/IGk...
WGCMA分析
一、实验目的 二、具体代码 ```R
GO/KEGG 富集分析
clusterProfiler 包进行功能富集分析和可视化绑定。
DESeq2 差异分析
RNA-seq 差异表达分析标准流程，从 counts 到差异基因列表。
ggplot2 绘图模板
包含火山图 (Volcano)、热图 (Heatmap) 和气泡图 (Bubble) 的现成代码。
Biopython 脚本库
批量处理 FASTA 文件、反向互补序列转换及 ORF 预测脚本。
STRING 互作网络
如何构建 PPI 网络并导入 Cytoscape 进行美化分析。
ImageJ 荧光定量
从荧光图片中提取数据，进行光密度值 (OD) 统计分析。